보조금 사업의 정산 시기가 다가오면 담당자분들의 업무 부담이 급격히 증가합니다. 특히 처음 정산을 진행하는 신규 담당자분들은 e나라도움 시스템이 낯설고, 어디서부터 어떻게 시작해야 할지 막막한 경우가 많습니다
회계법인 브릭스에서는 전문적인 보조금 사업비 위탁정산 업무를 수행하고 있습니다. 회계법인 브릭스의 정산 검증팀은 e나라도움 시스템 사용에 대한 각 상황 별로 도움을 드리고 있습니다. 이 글에서는 신규 담당자분들이 가장 어려워하는 정산보고서 작성 절차를 실무 관점에서 정리해 드리겠습니다
정산보고서 제출까지의 전체 흐름
정산보고서를 작성하기 전에 먼저 전체 흐름을 이해하는 것이 중요합니다. e나라도움에서 정산은 보조사업자와 상위보조사업자 간의 협업으로 진행되며, 단순히 보고서만 작성해서 제출하는 것이 아니라 여러 단계를 거쳐야 합니다
보조사업자가 집행마감을 하면 상위보조사업자가 집행내역을 검토합니다. 검토 결과 보완이 필요한 건이 있으면 보조사업자가 집행내역 보완을 진행하고, 상위보조사업자가 모든 검토를 완료하여 정산완료 처리를 하면 그때서야 보조사업자가 정산보고서를 작성할 수 있습니다
정산보고서 제출 후 상위보조사업자가 정산보고서를 확정하면 마지막으로 잔액과 이자를 반납하는 것으로 정산 절차가 마무리됩니다
실무에서 가장 많이 놓치는 부분은 집행마감 전 미처리 건을 정리하는 것입니다. 집행마감 버튼을 눌렀는데 오류가 발생한다면 집행등록, 집행요청, 이체오류, 이체중, 교부반납, 집행취소등록 건수가 모두 ‘0’인지 먼저 확인해야 합니다
집행마감 처리하기
사업이 종료되면 가장 먼저 해야 할 일은 집행마감입니다. 집행정산 > 정산관리 > 정산관리 > 집행마감처리(하위) 메뉴에서 [집행마감] 버튼을 클릭하면 됩니다
집행마감을 하기 전에 반드시 집행완료 미처리 현황을 확인해야 합니다. 집행등록 건수, 집행요청 건수, 이체오류 건수, 이체중 건수, 교부반납 건수, 집행취소등록 건수가 모두 ‘0’이어야 집행마감이 가능합니다. 하나라도 남아있으면 해당 건을 먼저 처리해야 합니다
집행등록만 하고 저장한 상태라면 집행 건이 아닌 경우 삭제하고, 실제 집행 건이라면 집행요청 후 이체까지 완료해야 합니다. 이체오류가 발생한 경우에는 집행정산 > 집행관리 > 집행관리 > 보조금 집행내역 조회에서 오류재실행을 먼저 시도하고, 해결되지 않으면 e나라도움 묻고 답하기에 문의해야 합니다
집행마감 후에는 [이자금액조회] 버튼으로 반납할 이자 금액을 확인할 수 있고, 반납하기로 한 수익금이 있다면 [수익금등록] 버튼으로 등록합니다. 집행마감을 하면 더 이상 집행등록 및 집행이체가 불가능하므로, 최종 집행 건을 반드시 확인한 후 진행해야 합니다
집행내역 검토결과 확인 및 보완
집행마감이 완료되면 상위보조사업자가 집행내역을 검토합니다. 검토 결과는 집행정산 > 정산관리 > 정산관리 > 정산내역보완(하위) 메뉴의 ‘검토진행상태’ 항목에서 확인할 수 있습니다
검토진행상태가 공백이면 아직 미검토 상태이고, ‘보완요청’이면 해당 집행 건에 보완이 필요하다는 의미입니다. ‘검토완료’는 보완 없이 검토가 완료되었다는 뜻입니다
보완요청을 받은 집행 건은 해당 건을 더블 클릭하여 [집행취소] 또는 [집행정보수정] 버튼으로 보완합니다. 집행취소는 해당 집행금액을 전체 또는 부분 취소해야 하는 경우에 사용하고, 집행정보수정은 증빙자료 추가나 변경, 보조세목 변경, 재원별 집행 비율 변경 등 집행정보 내용을 변경할 때 사용합니다
보완을 완료했다면 [보완결과등록] 버튼을 클릭하여 상위보조사업자에게 보완 결과를 알려야 합니다. 검토상태를 ‘보완완료’로 변경하면 집행취소 또는 집행정보수정을 통해 보완했다는 의미이고, ‘내용확인’은 보완요청 내용을 인지했거나 해당 집행 건의 불인정 처리에 동의한다는 의미입니다

정산보고서 작성하기
상위보조사업자가 모든 집행 건에 대해 검토를 완료하고 정산완료 처리를 하면, 보조사업자는 비로소 정산보고서를 작성할 수 있습니다. 사업수행관리 > 사후 관리 > 정산보고관리 > 정산보고서생성관리 메뉴에서 먼저 [정산자료생성] 버튼을 클릭하여 정산자료를 생성합니다
정산자료 생성 후 사업수행관리 > 사후 관리 > 정산보고관리 > 정산보고작성관리 메뉴에서 [보고서작성] 버튼을 클릭하면 정산보고서를 작성할 수 있습니다
정산보고서는 여러 탭으로 구성되어 있습니다. 기본현황 탭에서는 보조사업비 사용 실적 등을 확인하고, 추진계획대비실적 탭에서는 세부추진실적을 입력합니다. 재원계획대비실적 탭에서는 재원계획 대비 실적사항을 입력하고, 집행계획대비실적 탭에서는 총괄명세서 이상 유무를 확인합니다. 사업성과 탭에서는 보조사업자의 사업성과를 입력하며, 마지막으로 보고서제출 탭에서 최종적으로 보고서를 제출합니다
재원계획대비실적과 사업성과 탭은 별도로 제공되는 양식이 없으므로, 자유 양식으로 작성하거나 상위보조사업자가 제공하는 양식이 있는지 미리 확인하는 것이 좋습니다
정산 반납 처리하기
정산보고서를 제출하고 상위보조사업자가 최종 정산보고서를 확정하면, 집행정산 > 정산관리 > 반납관리 > 이자잔액반납등록(하위) 메뉴에서 반납을 진행할 수 있습니다
반납 대상은 세 가지로 구분됩니다. 정산금반납은 예탁계좌에 남은 잔액을 반납하는 것이고, 이자반납은 예탁계좌에서 발생한 이자를 반납하는 것입니다. 수익금은 반납 대상인 수익금을 반납하는 것으로, 사업에서 발생한 수익금 중 반납하기로 한 금액이 있는 경우에만 해당됩니다
반납 이체 방식은 2자 이체와 3자 이체로 구분됩니다. 2자 이체는 예탁계좌에서 보조금 계좌에 거래 내역을 기록하지 않고 바로 한국재정정보원으로 반납되는 방식이고, 3자 이체는 보조금 계좌에 거래 내역을 기록한 후 반납되는 방식입니다. 수익금의 경우 직접입금 방식도 가능한데, 이는 e나라도움에서 반납명령서를 통해 보조사업자가 직접 한국재정정보원으로 반납하는 방식입니다
자주 묻는 질문(FAQ)
Q. 집행마감은 사업 종료 후에만 할 수 있나요?
아닙니다. 사업 기간이 끝나지 않아도 집행마감은 가능합니다. 다만 집행마감을 하면 더 이상 집행등록이 불가능하므로, 모든 집행이 완료된 후에 진행하는 것이 좋습니다
Q. 집행마감 후에 추가로 집행등록을 해야 하는 경우에는 어떻게 하나요?
상위보조사업자가 정산처리를 시작하기 전이라면 집행마감취소를 통해 집행마감을 취소한 후 집행등록을 할 수 있습니다. 이미 상위보조사업자가 정산처리를 시작했다면 상위기관에 정산처리중취소를 요청해야 합니다
Q. 최종정산 및 정산 반납은 언제까지 해야 하나요?
최종정산은 사업 종료일 이후 2개월 이내에 해야 합니다. 지자체의 경우 3개월 이내입니다. 정산 반납은 사업 종료 후 2개월 이내에 정산보고서 확정 후 진행하면 됩니다
Q. 보조금 통장에서 발생한 이자도 반납해야 하나요?
예치형 사업의 경우 예탁계좌에는 국고보조금과 지자체 부담금만 예치되고 보조금 계좌에는 자부담 금액만 들어가므로, 보조금 계좌에서 발생하는 이자는 자부담 금액에 의해 발생한 것으로 반납 의무가 없습니다. 예탁계좌에서 발생한 이자 금액에 대해서만 반납하면 됩니다. 다만 자부담 비율이 전혀 없는 사업인데도 보조금 계좌에 이자가 발생한 경우에는 상위보조사업자 요구 시 수익금 등록을 통해 반납해야 할 수 있습니다
e나라도움에서 정산보고서를 작성하는 과정은 처음에는 복잡하게 느껴질 수 있지만, 전체 흐름을 이해하고 각 단계별로 차근차근 진행하면 어렵지 않게 완료할 수 있습니다. 핵심은 집행마감 전 미처리 건을 모두 정리하는 것과, 상위보조사업자와의 협업 타이밍을 잘 맞추는 것입니다
회계법인 브릭스에서는 보조금 사업의 위탁정산·검증 업무를 전문적으로 수행하고 있습니다. 중간 점검과 정산자료 제출 양식을 미리 배포하는 전문 프로세스를 갖추고 있으며, 자주 발생하는 오류 사항에 대한 모니터링을 제공합니다. 정산 업무로 어려움이 있으시면 문의 남겨주세요
✅ 견적 문의 시 [보조금 사업 규모 / 참여기관 수 / 관리기준 혹은 사업계획서] 를 준비하여 문의하시
면, 빠르게 답변을 받을 수 있습니다
기준일: 2026년 2월 관련 법령 기준
회계법인 브릭스 | 금융위원회 등록 제394호
본 콘텐츠는 금융위원회에 등록된 회계법인 브릭스(등록번호 제394호) 소속 공인회계사가 작성·검수한 자료이며, 일반적인 정보 제공 목적으로 작성되었습니다. 특정 상황에 대한 전문적인 세무·회계·법률 자문을 대체하지 않으며, 개별 사안에 대해서는 반드시 자격을 갖춘 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 내용은 작성일 기준의 관련 법령 및 판례에 근거하고 있으며, 이후 법령 개정 등으로 내용이 달라질 수 있습니다.
