보조금 사업비 정산, 수익금부터 부정수급까지 실무 담당자가 알아야 할 처리 기준

보조금 사업을 수행하고 나면, 정산 단계에서 생각보다 다양한 처리 사항이 발생합니다. 사업 과정에서 수익이 발생하면 어떻게 해야 하는지, 계좌에 쌓인 이자는 반환 대상인지, 부가가치세 환급금은 사업비에 포함해도 되는지, 사업이 끝난 뒤 남은 잔액은 언제까지 돌려줘야 하는지 등 담당자가 하나하나 확인해야 할 항목이 적지 않습니다

회계법인 브릭스는 보조금 담당자들을 위하여, 보조금 위탁정산 업무 시 실무 담당자가 자주 문의하는 핵심 사항을 영역 별로 정리하였습니다

수익금과 이자의 처리 기준, 부가가치세 환급 시 주의점, 미사용 잔액의 반납 절차, 부정수급의 범위와 제재 수준까지 기본적인 것부터 하나씩 다루고 있으므로 정산 준비에 참고할 수 있습니다

회계법인 브릭스는 보조금 사업의 위탁정산·검증 업무를 전문적으로 수행하고 있습니다

사업비 운영에 필요한 절차, 교육 등 하나하나 꼼꼼히 검토하여 정산 과정에서 발생할 수 있는 오류를 자문, 위탁정산 업무를 통해 사전에 예방하고 있습니다

✅ 회계법인브릭스는 문화체육관광부, 교육부 등 주요 정부 부처와 지방시도군청 산하 사업비 정산업무를 모두 수행하고 있습니다

보조금 사업에서 수익금이 발생한 경우

보조사업을 수행하다 보면 사업 과정에서 매출이 생기거나, 참가비·수수료 등의 수입이 발생하는 경우가 있습니다. 이렇게 보조금을 재원으로 한 사업에서 부수적으로 발생하는 금액은 모두 수익금에 해당합니다

수익금이 발생하면 보조사업 계좌와는 별도로 수익용 계좌를 개설하여 구분 관리하는것이 좋습니다. 보조금 전용계좌에 수익금이 함께 들어가면 재원이 혼용되어 정산 시점에 정확한 금액 산정이 어려워집니다

신용카드 캐시백처럼 소액의 부수수익이라도 재원별 비율로 배분해야 하며, 국고보조금에 해당하는 금액은 국고금 계좌로 입금하는 것이 원칙입니다

수익금을 교부기관에 보고하지 않거나 승인 없이 사용하면 불인정 처리됩니다. 지체상금 수입, 계약이행보증금 수입, 전용카드 사용에 따른 부수수입, 불용장비 처분금액 역시 기타반납 대상에 해당하므로, 사업 수행 중 발생하는 모든 부수적 수입은 빠짐없이 관리하는 것이 중요합니다

보조금 계좌의 이자 반환

이자의 산정 범위는 보조금 교부 시점부터 정산 후 잔액을 반환하는 시점까지 실제로 발생한 이자를 기준으로 하며, 이자율은 해당 계좌의 약정금리를 적용합니다

실제로 발생하지 않은 이자에 대해서는 원칙적으로 반환을 요구할 수 없지만, 교부기관과 별도 협약이 있다면 그 기준을 따르게 됩니다 (교부조건·협약·집행지침이 우선)

반환기한을 넘기면 경과일부터 실제 반환일까지 추가 이자가 부과됩니다. 협약서에 금리 약정이 없으면 민법상 지연이자가 적용되므로 반환 시점을 놓치지 않는 것이 중요합니다

또한 보조금 전용계좌를 사용하지 않고 기존 잔액이 남아 있는 계좌에 보조금을 수령하면 이자 산정 자체가 불가능해져 정산 과정에서 문제가 되므로, 보조금 수령 시점부터 계좌를 분리하여 운영해야 합니다

부가가치세 매입공제 환급금 처리

부가가치세 처리는 정산에서 불인정이 가장 빈번하게 발생하는 사항입니다

과세사업을 영위하는 과세사업자는 매입세액공제를 통해 부가가치세를 환급받을 수 있으므로, 사업비에 환급 대상 부가가치세를 포함하지 않는 것이 원칙입니다

환급받을 수 있는 부가가치세를 집행금액에 포함하면 해당 금액은 불인정 처리되어 반환해야 합니다

고유번호증을 보유한 비영리법인은 부가가치세 환급 대상이 아니기 때문에 매입세액을 사업비에 포함하여 집행합니다

「부가가치세법」 제29조 제5항 제4호에 따르면 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금은 부가가치세 과세대상이 아닙니다

환급받은 부가가치세를 동일 사업에 재투자하려면 사업계획에 미리 반영하거나 변경 절차를 거쳐야 하며, 환급받지 않은 경우라도 환급 권리를 행사하지 않으면 불인정 사유가 될 수 있으므로 주의가 필요합니다

보조금 사업비 집행잔액의 반납

보조사업이 완료되거나 폐지 승인을 받은 경우, 또는 회계연도가 종료된 시점에는 미사용 잔액(집행잔액)을 반납해야 합니다

반납 범위는 집행잔액에 이자와 수익금(교부조건에 명시된 경우)을 더한 금액이며, 잔액은 e나라도움에 등록된 재원별 사용금액을 기준으로 산정합니다

보조금 사업비 주요 불인정 사례

보조금 사업은 상위기관의 지침, 정산가이드, 담당자와 커뮤니케이션이 중요합니다. 일반적인 경우 다음의 사항을 미리 체크하고 방지하는 것이 좋습니다

사업비 집행은 반드시 등록된 보조사업카드로 이루어져야 하며, 개인카드나 미등록카드 사용분은 불인정 처리됩니다

사업기간 종료일 이후에 구매하거나 결제한 건은 일반적으로 불인정 대상이므로 종료일 전에 모든 거래가 완결되도록 관리해야 합니다

인건비에서는 미승인 전용, 참여율 초과, 이중지급 문제가 빈번하게 발생합니다. 여러 사업에 동시에 참여하는 인력이 있다면 참여율 합계가 기준을 초과하지 않는지 반드시 확인해야 합니다

여비 집행에서는 운임 초과, 식대 중복 청구, 기내식 감액 누락 등이 자주 지적되며, 비목 변경이나 이월에 대한 사전승인 없이 집행한 금액도 불인정 처리됩니다

보조금 사업비 운영과정에서 불인정은 규정을 몰랐거나 사소한 절차를 누락한 데서 비롯되는 경우가 대부분입니다

수익금 처리, 이자 반환, 부가가치세 환급, 미사용 잔액 반납, 계정별 집행 기준까지 기본적인 사항을 하나하나 챙기면 정산 단계에서의 위험을 크게 줄일 수 있습니다

보조사업의 성공적인 수행과 투명한 정산, 회계법인 브릭스가 함께하겠습니다. 업무, 견적 문의 및 자문이 필요한 경우 아래의 링크로 문의 남겨주시면 답변 드리겠습니다

✅ 회계법인브릭스는 문화체육관광부, 교육부 등 주요 정부 부처와 지방시도군청 산하 사업비 정산업무를 모두 수행하고 있습니다

기준일: 2026년 2월 관련 법령 기준